中心设立理事会、指导委员会、学术委员会、首席科学家、中心主任、公共管理平台、科研创新平台、咨询服务平台，结合地方协同实践城市的创新实践基地，构建中心组织管理的基本架构。中心采取以理事会为中心决策机构、主任负责制的管理体制。中心主任全面负责中心的日常管理、建设和学术发展工作。指导委员会负责协同创新中心的区域发展实践工作。学术委员会，主要负责结合国内外智能城镇化研究与建设领域技术研发前沿动态，审定中心的年度学术研究内容与发展计划，遴选中心的固定研究人员，以及为中心学术发展等有关工作提供决策意见。公共管理平台为中心日常运行提供行政管理服务；科研创新平台由科研攻关团队组成，构成科研攻关力量；咨询服务平台为国家需求和地方需求提供科研咨询、人才培养和国际交流等；创新实践基地主要提出科研需求并进行城镇化协同实践。